Sahashi Minato adalah orang yang sangat cerdas, namun karena tidak mampu mengatasi tekanan, dia dua kali gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi. Akibatnya dia dicap sebagai orang idiot dan pecundang. Suatu hari karena suatu hal, ia bertemu dengan seorang gadis yang sedang diserang. Gadis itu bernama Musubi, ia adalah Sekirei yang sedang mencari manusia terpilih (Ashikabi) untuk dijadikannya Master. Sekirei adalah 108 orang yang dilahirkan untuk saling bertarung dalam Sekirei Project.