Hidup Koushi Nagumo, seorang anak berusia dua belas tahun, tiba-tiba berubah menjadi kacau ketika ayahnya meninggalkannya setelah rumah mereka terbakar. Terpaksa hidup sendiri, Koushi pingsan di jalan, tetapi seorang wanita eksentrik bernama Mineru Wachi merasa iba padanya dan membawanya ke asrama perempuan "Megami-ryou." Setelah mengetahui keadaan Koushi, Mineru, yang kebetulan menjadi manajer sementara, mengundangnya untuk menjadi ibu asrama resmi Megami-ryou. Namun, yang menantinya adalah penghuni asrama—masing-masing dengan tingkah laku aneh mereka sendiri—seperti Atena Saotome yang fobia pria tapi lembut, Kiriya Senshou yang tomboy tapi feminin, dan Mineru sendiri, yang tak kenal batas dalam hal sains. Meskipun begitu, Koushi berusaha sebaik mungkin untuk menjalankan tugas-tugas dalam kehidupan gilanya yang baru!