Ejen Ali semakin baik dalam misinya di MATA. Namun, konflik muncul ketika Ali mengetahui bahwa dia bukan lagi satu-satunya yang dapat mengendalikan IRIS. Sekarang MATA telah meningkatkan IRIS menjadi IRIS NEO, yang akan menjadi perangkat dasar untuk semua agen. Hal ini membuat Ali mempertanyakan perannya di MATA. Selama periode ini, seorang individu bernama Niki mendekati Ali dan mengklaim dia tahu mengapa dia kehilangan ibunya. Kini, Agen Ali harus menjalankan misi aksi dan mengungkap misteri yang mengancam kota Cyberaya, serta mempertaruhkan kesetiaannya kepada MATA sebelum terlambat. Bisakah dia berhasil?